Жоао начал свою профессиональную карьеру в «Коринтиансе». Также он выступал за «Бенфику» и «Нант», а в последние два года был ключевым центральным защитником «Васко де Гама». За бразильский клуб Жоао провел 75 матчей и оформил 3+3 по системе «гол+пас».

20 августа 2025 года Жоао Виктор подписал четырехлетний профессиональный контракт с ПФК ЦСКА. Защитник дебютировал 24 августа 2025 года в домашнем матче против «Акрона» (3:1).